L’avis du médecin du travail peut être contesté devant la juridiction prud’homale qui à ce titre peut-être emmener à examiner les éléments, y compris médicaux, sur lesquels s’est fondé le professionnel pour motiver sa décision.
Bien que le juge ne puisse pas déclarer un tel avis inopposable aux parties, il peut substituer à cet avis sa propre décision, après avoir le cas échéant ordonné une mesure d’instruction.